El Instituto se caracteriza por el alto nivel de sus actividades científicas, supervisadas por el CCI. Actualmente mantiene un programa de visitas del orden de 10 visitantes al mes, por año, los cuales, además de interactuar a nivel de investigación con los matemáticos locales, ofrecen cursos y seminarios abiertos a toda la comunidad científica. Una de las actividades más importantes del instituto es el programa dedicado a la selección de estudiantes de los paises andinos: Bolivia, Colombia, Ecuador, Perú y Venezuela, que muestren talento para la actividad de investigación en Matemática.
Este programa, apoyado por el ICTP desde 1989, se realiza todos los años, durante un mes, con la presencia de matemáticos extranjeros de reconocido prestigio. Diversas conferencias internacionales han sido organizadas en el IMCA desde su creación. Entre las principales se encuentran las siguientes:
- XII Escuela Latinoamericana de Matemática, 28 de junio al 3 de julio de 1999.
- IV Seminario Internacional de Matemática Aplicada y Optimización, del 3 al 7 de Octubre de 1999.
- V Seminario Internacional de Matemática Aplicada y Optimización, del 5 al 9 de Octubre de 2001.
- I Seminario Internacional de Sistemas Dinámicos, del 5 al 9 de Noviembre de 2001.
El IMCA también esta apoyando, desde su creación, al Coloquio de Matemática, de la Sociedad Matemática Peruana (SMP), evento que se realiza anualmente. Desde su creación , el IMCA ha recibido la visita de distinguidos profesores de diversas nacionalidades quienes ofrecieron cursos y conferencias especializadas. A partir de 1998 el IMCA viene realizando regularmente cursos de Maestría y en 2002 inauguró su programa de Doctorado.
